Родился в Витебской губернии Российской империи, ныне республика Беларусь, в семье представителя древнего польского дворянского рода Малаховских, управляющего помещичьим имением. 
Окончил Санкт-Петербургский государственный технологический институт (1895).
Служил инженером на Сормовском заводе: с 1901 года - начальником паровозо-технического бюро. В 1907 году бюро, возглавляемое Малаховским, взялось за проектирование нового паровоза и первого для Сормовского завода.
Малаховский является создателем, помимо знаменитого С, многих русских паровозов. В их числе и сормовский вариант четырёхосного локомотива серии Ѵ (ижица) с надстрочным индексом «с» (ѴС). Сормовская Ижица (1914) оказалась самым мощным товарным паровозом серии и, одновременно, самым мощным паровозом с осевой формулой 0-4-0.
В 1919 году, Малаховский уехал из Нижнего Новгорода в Москву, став начальником отдела паровозостроения Государственного объединения машиностроительных заводов (ГОМЗе). Одновременно преподавал в Московском высшем техническом училище. В дальнейшем работал в руководящих организациях паровозостроительной промышленности, в ВСНХ и др.
В 1929 году по обвинению во вредительстве был арестован. Работал в «шарашке» - в ЦКБ-39 с известным впоследствии конструктором лёгких танков Николаем Александровичем Астровым.

В 1930 году был освобождён из мест заключения. Работал инженером на «Невском заводе».
Умер в Ленинграде, похоронен на Волковском кладбище.