Родился в Нижнем Новгороде в семье отставного солдата-кантониста. 

Окончил Петербургский институт гражданских инженеров (1892) и был командирован на государственную службу архитектором в Петербуржский порт. Однако в связи с отказом принять присягу «на верность престолу», был уволен и выслан из столицы в город Кологрив Костромской губернии.

В 1893 году вернулся в Нижний Новгород и устроился архитектором в городскую управу. Занимался работами по реконструкции Дмитровской башни Кремля, принял участие в строительстве ряда сооружений на Всероссийской выставке 1896 года. 

Первой крупной самостоятельной работой Малиновского стало проектирование здания электростанции, которое одновременно использовалось как вестибюль Похвалинского фуникулёра. В 1900-1904 годах по его проекту в Сормове возводится Спасо-Преображенский собор. Из других его архитектурных работ следует в первую очередь отметить клуб инженеров и служащих Сормовского завода (впоследствии Дом пионеров Сормовского района, ныне МБОУ ДОД ДЮЦ "Сормово"), жилой дом для сотрудников завода, расположенный рядом с клубом, и так называемый «Народный дом» на Острожской площади (1903), впоследствии перестроенный под здание Нижегородского театра оперы и балета.

В 1908 году переехал в Москву. После октябрьской революции возглавлял комиссию Моссовета по охране памятников искусства и старины, работал гражданским комиссаром Кремля.

С 1921 года работал в Госплане, затем в различных строительных организациях, возглавлял Управление городского и сельского строительства Комитета государственных сооружений. 

В конце 1920-х-начале 1930-х годов состоял в комиссии по стандартизации Совета Труда и Обороны, где занимался выработкой общесоюзных норм и технических условий строительного проектирования.

Жил и похоронен в Москве.